2 раза-то зачем? Одного достаточно[root@localhost root]# aticonfig --initial
Uninitialised file found, configuring.
Using /etc/X11/XF86Config
[root@localhost root]# aticonfig --initial
А драйвер прописался в /etc/X11/XF86Config, там и смотри.
И после этого не работает? При попытке запуска иксов что пишет?